Po rekonkwiście
Kordoby w 1236 roku powstało 12 kościołów i klasztorów, a jednym z nich był San
Agustin. Klasztor prosperował przez wieki, podczas których był oczywiście wielokrotnie
modyfikowany i przebudowywany. Mało brakowało, a jego historia zakończyłaby się
wraz z inwazją francuską w 1808 roku, kiedy to żołnierze obrali go
sobie za siedzibę i zamienili na stajnie i stodoły. Oczywiście spowodowali
ogromne zniszczenia i San Agustin przez niemal wiek pozostał niemal zrujnowany.
Dopiero dominikanie, którzy przejęli go w 1903, zadbali o renowację, odbudowę i
konserwację budynku.
